En cumplimiento a lo establecido en el Plan de Manejo del Área Natural Protegida con categoría de Paisaje Protegido: “Peña de Bernal”, se instaló el Consejo Administrativo del sitio, mismo que tiene como objetivo ser un órgano de consulta y apoyo en la formulación, ejecución, seguimiento y evaluación de las políticas para la administración de la zona.
Dentro del Consejo se tiene la participación de propietarios o posesionarios de los predios que se encuentran dentro del área natural protegida; representantes de la Secretarías de Desarrollo Sustentable del Poder Ejecutivo del Estado de Querétaro (SEDESU), de Desarrollo Agropecuario (SEDEA), y de Turismo; la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT); la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA); el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH); la Procuraduría Estatal de Protección al Medio Ambiente y Desarrollo Urbano (PEPMADU); la Universidad Autónoma de Querétaro (UAQ), así como los municipios de Ezequiel Montes y Tolimán.